低温细菌计数

    低温细菌为在低温（7℃以下）能生长的中温性细菌，与食品保存或腐败有关。牛奶及其制品、肉类及鱼贝类等通常在低温贮藏或输送，故此类食品如低温细菌控制不良，很容易引起腐败，因此低温细菌为冷藏或冷冻食品的指标菌。
　　低温菌在35℃并不能生长，一般以结晶紫氯化三酚四偶氮（Crystal violet triphenyl tetrazolium chloride, CTV）培养基，于7℃培养10天，或以25℃培养72小时。低温菌检出过多时，表示保存性低，质量不佳，可能污染有耶辛尼亚菌（Yersinia）（此菌可在低温繁殖）或李斯特菌（Listeria）之食品中毒菌。

大肠杆菌群（Coliform）的计数

    大肠菌群细菌定义为革兰氏（Grams）阴性无芽胞杆菌，在48小时内能分解乳糖，而产生酸及气体之一群革兰氏阴性兼性厌氧性（Facultatively anerobic）杆菌，包括大肠杆菌（Escherichia coli）、柠檬酸杆菌（Citrobacter）、克雷白氏菌（Klebsiella）及肠杆菌（Enterobacter）。大肠杆菌群（Coliform）可借着各种途径污染工厂的设备、环境、人员及原料，再由此污染最终之加工食物。
　　此类菌并不耐热，故经热处理之食物，若检出大肠杆菌群，表示食品受到二次污染，故大肠杆菌群计数（coliform）可做为制程之重要控制点，以兹确认HACCP规划之控制效果。特别是经加热过后之食品。

粪便大肠杆菌群（Fecal coliform）

     大肠杆菌群中，很多不属于粪便的菌群，粪便大肠杆菌群为粪便来源的大肠杆菌，对食品卫生安全评估而言，其检验比一般只检验大肠杆菌群更具有意义，特别是生鲜食品。粪便大肠杆菌群（Fecal coliform）均能在44.5℃生长，分解乳糖而产生气体。若生鲜食品检出粪便大肠杆菌，表示受粪便污染可能性大，也就是该食品的处理不符合卫生安全。

肠球菌（Enterococci）

    肠球菌如同粪便大肠杆菌群，为人及动物肠道内之常在菌。与食品有关之肠球菌，系指链球菌属（Genus Streptococcus）中属于Lancefield D群的一群革兰氏阳性球菌，主要包括S. facealis、S. faecium及S. durans三种菌。这些菌在10℃以下至45℃以上，均能生长；而且在含6.5% NaCl，pH9.6之环境也能生长，并能耐60℃加热30分钟。肠球菌之侦测做为粪便污染指标菌比大肠杆菌群侦测为佳的理由：(1)在粪便中肠球菌菌数表比粪便大肠杆菌群菌数少很多；(2)在自然界不易增殖，因此在水或土壤等分布甚少；(3)食品制造时，经加热或冷冻，大肠杆菌比肠球菌容易受损伤或死亡应用于测定生蔬菜及色拉、冷冻食品、肉制品及干燥食品。

大肠杆菌（Escherichia coli）

    大肠杆菌栖息于人畜之大肠内，若在食品中发现，表示食品受到粪便污染，它的存在比大肠杆菌群更能表示有肠内病原菌之危害。大肠杆菌在加热后即死亡，故加工后之禽畜肉，如仍检出大肠杆菌，表示热处理不当，或加热后受到污染。为防止消费者食用到受粪便污染食品，卫生单位对大部份食品都订有大肠杆菌不得检出的规格标准。

厌氧性梭状杆菌（Clostridia）